tre homme, Kisaka Ledonir. Le vaisseau sera attaqué par l'équipe du commandant Morassim, il a en effet reçu l'ordre de Le Creuse de poursuivre et d'abattre l'Archangel avant qu'il rejoigne la base de JOSH-A en Alaska. Le sous-marin de classe Vosgulov prend alors le vaisseau en chasse, et enverra deux AMF-101 DINN et 2 UMF-4A GOOhN au combat, les deux GOOhN seront détruit par le Strike Gundam, tandis que l'un des deux DINN sera détruit par l'Archangel et le second endommagé par Mwu La Flaga (Morassim lui-même est au commande de ce DINN personnalisé). Asran Zala et Nicol Amarfi atterrissent sur la base de Gibraltar et rejoignent ainsi Yzak Jule et Dearka Elsman, l'escadron Zala est alors formé et Asran nommé chef de l'escadron, le 6 Mars. Le lendemain, une nouvelle escarmouche entre l'Archangel et le sous-marin de Morassim a lieu, l'escadron Zala est alors en route pour Carpentaria à bord de transporteur. Lors du combat entre l'Archangel et les hommes de Morassim, Cagalli qui est alors aux commandes d'un FX-550 Skygrasper, aidera le commandant La Flaga à détruire le sous-marin pendant que le Strike détruira les autres unités ennemies, dont le UMF-5 ZnO de Morassim (qui périra en mer). Alors que Cagalli subit des dégats sur son appareil elle retourne vers l'Archangel, mais elle rencontre en chemin un transporteur ZAFT, des echanges de tirs ont lieux et elle endommagera le transporteur qui devra larguer sa cargaison, le Skygrasper de Cagalli étant touché aussi, elle fera un amerissage au large d'une petite île. Sur cette île se trouve aussi Asran Zala qui était dans le transporteur attaqué, ils se rencontrent alors et passent la nuit sur l'île en tant qu'ennemis, cependant ils finiront par tisser des liens, se considérant alors comme des personnes et non plus comme des adversaires.

Ils seront récupéré par leur camp respectifs le 8 Mars.

L’Archangel atteint le Détroit de Malacca où il combat des forces de ZAFT. L’équipe Zala n’a pas pu s’y rendre à temps à cause d’une défaillance de leur sous marin. L’Archangel s’échappe sans gros dommages le 15 Mars.

Le vaisseau sera attaqué par l'escadron Zala le 25 Mars non loin des côtes d'Orb, il sera alors pris pour cible par les forces de Orb, qui en fait couvre le vaisseau, permettant ainsi de s'amarrer au port sur l'île de Onogoro. Suite à ce subterfuge, le président demandera une compensation pour l'aide apportée, car si ils ont été sauvés c'est aussi parceque Cagalli est la fille du président Attha. Le 25 Février, Kira Yamato est alors appelé à contribuer au dévellopement des MBF- M1 Astray, plus précisement à améliorer leur OS. Quelques jours plus tard, le 28 Février, l'escadron Zala infiltre Orb secrètement pour enquêter, Asran fera alors une rencontre inatendue, il croisera Kira, séparé par un grillage, ils discutent alors que Asran rend le petit robot Tori (Birdie en VF) à Kira.

Le 1er Avril Patrick Zala est élu Chancelier Suprême de PLANT, il lance l’opération Spit Break pour intensifier l’effet de l’opération Ourobouros qui sera approuvé le jour même par le Conseil.

Le 15 Avril marque le départ de l'Archangel de la nation d'Orb, il quitte le port de Onogoro tôt le matin, mais l'escadron Zala les attend, à peine le vaisseau a-t-il quitté les eaux territoriale d'Orb qu'il est attaqué. Un combat violent qui terminera en duel entre Kira et Asran, alors que Kira veut porter un coup mortel à son ancien amis, Nicol s'interpose entre les deux jeunes hommes avec son Blitz Gundam, touché en plein cockpit il périra suite à l'explosion de son Gundam.

L’Archangel est attaqué par l’équipe Zala au dessus des Iles Marshall le 17 Avril. Tolle Koenig est tué au combat par Asran, Kira Yamato est porté disparu suite à son combat contre Asran Zala qui s’est terminé par l’explosion de l’Aegis Gundam contre le Strike Gundam, dans le même temps Dearka Elsman est capturé par l’Archangel avec le Buster Gundam. Orb reçoit un message de l'Archangel, une équipe de recherche est alors envoyée le 18 Avril, Cagalli retrouve alors Asran blessé, il sera secouru et rendu à ZAFT. Kira sera lui retrouvé vivant par le Révérant Malchio, il sera alors secrètement transporté sur Aprilius 1 dans la résidence des Clyne.

Le Révérant Malchio qui est en voyage sur les PLANT en tant qu'émissaire de paix présente le 1 Mai un compromis de paix qui sera rejeté.

L'Archangel continue son voyage vers la base de JOSH-A en Alaska, il y parviendra le 2 Mai. Le même jour Asran Zala repart pour la base de Carpentaria pour être envoyé dans l'espace et est décoré de l'ordre de Nebula, Yzak lui sera assigné à l'opération Spit Break. Les Officiers de l’Archangel sont sous le coup d’une enquête pour faire état de leurs actions depuis le départ d’Heliopolis le 5 Mai, le lancement de l’Opération Spit Break avec 72h de retard dû au changement de cible de dernière minute. L'Opération Spit Break démarre le 8 Mai, l'Archangel est assigné à la défense de la base, et certains membres de l'équipage sont réaffecté, tel que Natale Badjirule, Flay Alstar, et Mwu La Flaga. Durant le chaos qui suivra l'attaque, La Flaga rejoindra l'Archangel afin de les prévenir de la menace, l'Alliance a décidé de sacrifier de nombreux soldats sur place ainsi que le vaisseau pour anéantir une grande partie de l'armée de ZAFT grâce au système Cyclops. Kira qui se trouve alors sur Aprilius 1 veut rejoindre ses amis pour les défendre, mais surtout pour essayer de mettre fin à cette guerre. Il sera aidé par Lacus Clyne, elle lui confiera les commandes du ZGMF-X10A Freedom Gundam, il parviendra à rejoindre l'Archangel grâce aux grandes performances du MS et à les sauver, il tentera aussi de sauver un maximum de soldats sur le champ de bataille en les prévenant du danger, et ce quel que soit leur camp.

La famille Clyne est dés lors considérée comme dissidente au régime des PLANT et accusé de haute trahison, suite au vol du Gundam Freedom. Le 11 Mai, Asran qui apprend la nouvelle décide de partir à la recherche de Lacus, afin d'obtenir des explications, il finira par la retrouver et une discussion sur les enjeux de la guerre, les véritables ennemis de la paix se tient entre eux. Asran laissera finalement partir Lacus. Le Chancelier Zala déclare que l’échec de l’attaque d’Alaska et le vol du Freedom sont la cause de la faction Clyne, la Faction est démantelée par le Conseil Suprême le 12 Mai, Siegel Clyne est exécuté. Lacus parvient à s’enfuir avec l’aide d’Andrew Warthfeld.

L'Archangel rejoint alors Orb le 15 Mai et déserte définitivement l'Alliance, le 17 Mai Asran reçoit le ZGMF-X09A Justice Gundam, avec pour mission de détruire le Freedom s'il est impossible de le récupérer. En réponse aux événements de l'Alaska, ZAFT décide de détruire la base de Panama, ainsi le 25 Mai ZAFT envoi un maximum de ses forces ainsi que des EMP de type Gungnir pour détruire la base, malgré l'intervention des tout nouveaux modèles de MS de l'Alliance, les GAT-01 Strike Dagger, le Mass Driver et la base seront détruits. Le 29 Mai l'Alliance organise une réunion, Muruta Azrael, représentant d'un conglomérat industriel d'armements propose de récupérer le Mass Driver d'Orb, une opération de reconquête de Victoria est aussi mise en place, les forces de la Fédération Eurasienne et de la République de l'Est Asiatique sont contre, pourtant elles sont envoyées sur le front et constituent la plus grande partie de l'armée pour l'attaque.

Suite à cette réunion, le 1 Juin marque un appel de l'Alliance à la solidarité et à l'unification, cet appel est lancé à Orb, au Royaume de Scandinavie et à l'Union Equatorienne, les seuls états encore neutre. En faisant cela l'Alliance pense convaincre l'opinion publique des états à neutre à les rejoindre, dans l'ombre l'Alliance met la pression auprès des différents chefs d'états pour les pousser à les rejoindre.

Orb sera alors mise au pied du mur le 13 Juin avec un ultimatum de 48h, si Orb ne démantèle pas son parlement, ne fournit pas son armement et ses technologies, et si Uzumi Narra Attha ne laisse pas son titre de président, l'Alliance envahira Orb. Le but de la manoeuvre étant de récupérer le Mass Driver, et de fait récupérer la capacité de l'Alliance de pouvoir retourner dans l'espace. Les membres de l'Archangel sont alors prévenus de la situation, et les volontaires pour aider Orb sont invités à rester se battre, une dizaine de membres de l'équipage, dont Kazui Baskirk, quitteront l'équipage et le navire. Au même moment, Asran qui est sur les îles Marshall rencontre le Révérant Malchio, il prendra alors conscience que le conflit fait des ravages dans les deux camps.

Le 15 Juin, 48h après l'ultimatum qu'Orb rejette, les navires de la 4ème flotte attaquent alors la nation avec leurs Strike Dagger, mais aussi la nouvelle série de GAT-X, le GAT-X131 Calamity Gundam, le GAT-X252 Forbidden Gundam et le GAT-X370 Raider Gundam. Les M1-Astray sont mis pour la première fois de situation réelle de combat, Asran joint la bataille avec son Justice Gundam et viendra en aide aux forces d'Orb. Les civils sont en cours d'évacuation lors des combats et des pertes sont à déplorée, les parents et la soeur du jeune Shinn Asuka sont tués par un tir perdu provenant des combats dans leur fuite d’Orb. Kira et Asran se retrouvent après la bataille, non plus en tant qu'ennemis, mais en tant qu'amis, ils prennent alors le temps de discuter sur cette guerre et ses conséquences, leurs rôles respectifs et erreures. Asran Zala rejoint définitivement Orb, accompagné de son anciens camarade de ZAFT, Dearka Elsman et de son Buster Gundam. Le lendemain, le 16 Juin, l'Alliance lanc une nouvelle offensive contre Orb, Uzumi Nara Attha décide l’évacuation pour l’espace et fait renvoyer le Kusanagi et l’Archangel, durant l'attaque il poussera Cagalli à évacuer, et alors qu'il la conduit au Kusanagi il révèle à Cagalli que Kira est son frère. Il auto-détruit ensuite les installations de Morgenroete, le mass driver de Kaguya, et l’usine d’armement souterraine d’Onogoro,Uzumi Nara Attha ainsi que des membres du gouvernement d’Orb périront dans l'explosion, un nouveau gouvernement temporaire est élu à Orb, celui-ci est devenu sympathisant de l’Alliance.

Le Kusanagi qui a rejoint l'espace entame sa complétion, le 18 Juin toutes les parties du vaisseau sont assemblée et il prend la route du point LaGrange 4 accompagné de l'Archangel. Pendant ce temps-là sur Terre, les force de l'OMNI attaques les forces de ZAFT basée sur Victoria, dans le but de récupérer la base. Grâce aux nouveaux Gundam de l'Alliance cette attaque sera une victoire. Le 20 Juin le nouveau vaisseau de classe Archangel, le Dominion, est terminé, le nouveau capitaine sera Natale Badjirule. Le 25 Juin le Mass Driver de Victoria étant de nouveau pleinement opérationnel, il servira à envoyer des forces de l'Alliance dans l'espace, notamment les 3 Gundam de l'Alliance qui rejoindront le Dominion. Le Conseil Suprême de PLANT décide le 26 Juin de construire de nouvelles lignes de défense, Raw Le Creuset est rappelé sur les PLANT, il décollera le lendemain accompagné de Flay Alstar et de Yzak Jule. Le 28 Juin c'est au tour de Muruta Azrael et des 3 nouveaux GAT-X de rejoindre l'espace. L'Archangel et le Kusanagi arrivent près de la colonie Mendel en L4, le 30 Juin.

Asran décide de retourner sur PLANT pour se confronter à son père. Néanmoins ce dernier refuse son changement de camp et le fait arrêter pour haute-trahison, Asran est secouru par les hommes que Lacus Clyne a recruté, Lacus Clyne et Andrew Warthfeld volent le nouveau vaisseau conçu par ZAFT le FFMH-Y101 Eternal, ils seront raccompagnés par Kira Yamato. Le 5 Juillet l'Eternal à rejoint le colonie Mendel et les deux autres vaisseaux, ils forment ainsi une alliance. Le Creuset reçoit pour mission de poursuivre l'Eternal et il prend la direction de la colonie Mendel, le 7 Juillet. Le 12 Juillet le Dominion lance son attaque contre la Colonie Mendel, l'Archangel s'avance alors pour le combattre et permettre ainsi au Kusanagi et à l'Eternal de s'échapper. Mais Le Creuset est aussi de la partie, et il part au combat contre La Flaga (qui est aux commandes du Strike Gundam). Le Creuset entraîne La Flaga et Yamato dans la colonie Mendel, là il leur révélera son identité, mais aussi la véritable nature de Kira. Kira et Mwu s'échappent de la colonie et retourne auprès de l'Archangel, Mwu blessé rentre sur le vaisseau, mais Kira continue le combat, perturbé par ce qu'il vient d'apprendre il sera touché en tentant de récupérer Flay, relâchée par Le Creuset quelques instant plus tôt. Flay Alstar et sa capsule de sauvetage sera récupérée par le Dominion, elle détient un dossier que Le Creuset lui a confié, avec les plans des Anti N-Jammers, et donc l'utilisation de l'arme nucléaire.

Les factions bougent de part et d'autre, l'Eternal établit le contact avec les ressortissants d'Orb, les membres de la faction Clyne et les pacifistes de l'Alliance, le Révérant Marchio aide aussi en les mettant en contact avec la Junk Guild pour mettre fin à la guerre. ZAFT se prépare à une offensive de l'Alliance. L'Alliance quant-à-elle est en pleine production de ses nouveaux missiles nucléaires, nous sommes alors le 6 Juillet.

Le 24 Juillet, l'Alliance lance attaque contre la base de Gibraltar, ZAFT alors vaincue quitte l'Europe.

Le 15 Juin, 48h après l'ultimatum qu'Orb rejette, les navires de la 4ème flotte attaquent alors la nation avec leurs Strike Dagger, mais aussi la nouvelle série de GAT-X, le GAT-X131 Calamity Gundam, le GAT-X252 Forbidden Gundam et le GAT-X370 Raider Gundam. Les M1-Astray sont mis pour la première fois de situation réelle de combat, Asran joint la bataille avec son Justice Gundam et viendra en aide aux forces d'Orb. Les civils sont en cours d'évacuation lors des combats et des pertes sont à déplorée, les parents et la soeur du jeune Shinn Asuka sont tués par un tir perdu provenant des combats dans leur fuite d’Orb. Kira et Asran se retrouvent après la bataille, non plus en tant qu'ennemis, mais en tant qu'amis, ils prennent alors le temps de discuter sur cette guerre et ses conséquences, leurs rôles respectifs et erreures. Asran Zala rejoint définitivement Orb, accompagné de son anciens camarade de ZAFT, Dearka Elsman et de son Buster Gundam. Le lendemain, le 16 Juin, l'Alliance lanc une nouvelle offensive contre Orb, Uzumi Nara Attha décide l’évacuation pour l’espace et fait renvoyer le Kusanagi et l’Archangel, durant l'attaque il poussera Cagalli à évacuer, et alors qu'il la conduit au Kusanagi il révèle à Cagalli que Kira est son frère. Il auto-détruit ensuite les installations de Morgenroete, le mass driver de Kaguya, et l’usine d’armement souterraine d’Onogoro,Uzumi Nara Attha ainsi que des membres du gouvernement d’Orb périront dans l'explosion, un nouveau gouvernement temporaire est élu à Orb, celui-ci est devenu sympathisant de l’Alliance.

Le Kusanagi qui a rejoint l'espace entame sa complétion, le 18 Juin toutes les parties du vaisseau sont assemblée et il prend la route du point LaGrange 4 accompagné de l'Archangel. Pendant ce temps-là sur Terre, les force de l'OMNI attaques les forces de ZAFT basée sur Victoria, dans le but de récupérer la base. Grâce aux nouveaux Gundam de l'Alliance cette attaque sera une victoire. Le 20 Juin le nouveau vaisseau de classe Archangel, le Dominion, est terminé, le nouveau capitaine sera Natale Badjirule. Le 25 Juin le Mass Driver de Victoria étant de nouveau pleinement opérationnel, il servira à envoyer des forces de l'Alliance dans l'espace, notamment les 3 Gundam de l'Alliance qui rejoindront le Dominion. Le Conseil Suprême de PLANT décide le 26 Juin de construire de nouvelles lignes de défense, Raw Le Creuset est rappelé sur les PLANT, il décollera le lendemain accompagné de Flay Alstar et de Yzak Jule. Le 28 Juin c'est au tour de Muruta Azrael et des 3 nouveaux GAT-X de rejoindre l'espace. L'Archangel et le Kusanagi arrivent près de la colonie Mendel en L4, le 30 Juin.

Asran décide de retourner sur PLANT pour se confronter à son père. Néanmoins ce dernier refuse son changement de camp et le fait arrêter pour haute-trahison, Asran est secouru par les hommes que Lacus Clyne a recruté, Lacus Clyne et Andrew Warthfeld volent le nouveau vaisseau conçu par ZAFT le FFMH-Y101 Eternal, ils seront raccompagnés par Kira Yamato. Le 5 Juillet l'Eternal à rejoint le colonie Mendel et les deux autres vaisseaux, ils forment ainsi une alliance. Le Creuset reçoit pour mission de poursuivre l'Eternal et il prend la direction de la colonie Mendel, le 7 Juillet. Le 12 Juillet le Dominion lance son attaque contre la Colonie Mendel, l'Archangel s'avance alors pour le combattre et permettre ainsi au Kusanagi et à l'Eternal de s'échapper. Mais Le Creuset est aussi de la partie, et il part au combat contre La Flaga (qui est aux commandes du Strike Gundam). Le Creuset entraîne La Flaga et Yamato dans la colonie Mendel, là il leur révélera son identité, mais aussi la véritable nature de Kira. Kira et Mwu s'échappent de la colonie et retourne auprès de l'Archangel, Mwu blessé rentre sur le vaisseau, mais Kira continue le combat, perturbé par ce qu'il vient d'apprendre il sera touché en tentant de récupérer Flay, relâchée par Le Creuset quelques instant plus tôt. Flay Alstar et sa capsule de sauvetage sera récupérée par le Dominion, elle détient un dossier que Le Creuset lui a confié, avec les plans des Anti N-Jammers, et donc l'utilisation de l'arme nucléaire.

Les factions bougent de part et d'autre, l'Eternal établit le contact avec les ressortissants d'Orb, les membres de la faction Clyne et les pacifistes de l'Alliance, le Révérant Marchio aide aussi en les mettant en contact avec la Junk Guild pour mettre fin à la guerre. ZAFT se prépare à une offensive de l'Alliance. L'Alliance quant-à-elle est en pleine production de ses nouveaux missiles nucléaires, nous sommes alors le 6 Juillet.

Le 24 Juillet, l'Alliance lance attaque contre la base de Gibraltar, ZAFT alors vaincue quitte l'Europe.

La guerre s'intensifie, le 26 Septembre l'Alliance lance une nouvelle offensive contre les PLANT, simultanément les escadrons alors baptisé "escadron de la paix" (Peacemaker) attaque la base Jachin Due et les PLANT. L'alliance des trois vaisseaux formé par le Kusanagi, l'Eternal et l'Archangel intervient alors pour défendre les PLANT, le Justice et le Freedom, équipés de leur unités de soutien METEOR ils arrivent à protéger, avec l'aide de ZAFT, les colonies des PLANT. Sur Jachin Due les combats font aussi rage, le président Zala ordonne l'utilisation du GENESIS. Ce canon à particule GAMMA qui utilise l'énergie nucléaire, effectue un tir qui détruira les missiles nucléaires qui ciblent la base et détruira aussi 40% de la flotte de l'Alliance. Suite à ce tir ZAFT remplace le miroir de tir par un autre, durant ce temps la base subit l'assaut des forces de l'Alliance restantes dans le but d'empêcher un nouveau tir, en effet le Commandant Bajirule avait ordonné un repli afin de réorganiser les forces, mais Azrael contredit cette stratégie et donna le contre-ordre de lancer l'attaque immédiatement. Dans sa folie meurtière, Azrael veut annihiler les PLANT définitivement, la base lunaire envois alors une floote de vaisseaux contenant des missiles. L'alliance des trois vaisseaux lance une analyse des données du GENESIS, d'après les calculs si un tir touche la Terre toute vie serait alors détruite, et la planète rendue inhabitable. L'Archangel part alors au contact du Dominion, tandis que l'Eternal et le Kusanagi se dirigent vers le GENESIS afin de le détruire, des Gundam de la triple alliance protège alors les PLANT, tandis que les autres tente de détruire le canon de ZAFT.

Rau Le Creuset reçoit le nouveau Gundam créé par ZAFT, le ZGMF-X13A Providence, avec pour ordre de mettre fin à ce combat. La flotte de l'Alliance est en approche et le miroir a été changé, le GENESIS fait alors feu sur la base lunaire Ptolemaeus, la base est rayée de la surface de la Lune, la flotte lunaire qui se trouvait sur la trajectoire fut détruite à plus de 50% elle aussi, et avec elle les renforts de l'Alliance, qui se retrouve en très mauvaise posture. Azrael ordonne alors au Capitaine Sutherland d'envoyer ce qu'il reste de l'escadron de la paix, Natarle Bajirule le met en garde, détruire les PLANT n'empêchera pas le GENESIS de faire feu sur la Terre, mais Azrael ne l'écoute pas et s'obstine à vouloir détruire les Coordinateurs. Azrael pointe alors une arme sur Natarle en lui rappelant que c'est lui qui commande, l'Archangel arrive alors à portée du Dominion, le combat débute. Pendant ce temps Patrick Zala désigne la nouvelle cible du GENESIS, la Terre.

Les PLANT sont sauvées de l'attaque nucléaires par les équipes de ZAFT restées en protection, ainsi que les Gundam. Suite à quoi les forces partent pour la destruction du canon GENESIS, en tant qu'alliées de circonstance. L'archangel et le Dominion sont toujours en pleine bataille, chacun des vaisseaux ayant subit de lourd dégats, le Commandant Bajirule ordonne d'abandonner le navire, mais elle sera alors touchée par Muruta Azrael, celui-ci ayant toujours son arme fait feu sur la Bajirule, lui signifiant qu'elle fait preuve d'insubordination. L'équipage du Dominion quitte le navire dans des capsules de sauvetage, l'Archangel voyant cela cesse toute attaque, comprenant que le combat est terminé, mais Azrael pointe le canon Lohengrin restant vers l'Archangel et tire. Mwu La Fraga, qui a été endommagés au combat contre Rau, arrive in-extremis afin de protéger le pont de l'Archangel, ce sacrifice sauvera le vaisseau. Le Capitaine Ramius ordonne de riposter de la même manière, afin de venger la perte de son amour, Mwu La Fraga, et ce malgré le fait que Bajirule soit au commandes du Dominion. Kira arrive alors près de l'Archangel pour lui porter assistance lorsque Rau Le Creuset attaque avec son Gundam, le combat est rude car le Providence est équipé du tout nouveau système DRAGOON, les modules téléguidés (Funnel) du système DRAGOON détruise le METEOR du Freedom, pendant le combat les survivants des capsules du Dominion tentent de regagner l'Archangel, Kira aperçoit alors Flay dans l'une d'entre elle et part la sauver, mais Rau tire avec l'un de ses Funnel, détruisant la capsule et causant ainsi la mort de Flay. Kira est alors touché par une apparition de Flay, celle-ci s'excusant et le remerçiant d'avoir toujours veillé sur elle, c'est alors plein de rage et de combativité que Kira repart à l'assaut du Providence.

Le GENESIS étant en train de remplacer son miroir de nouveau pour effectuer un nouveau tir, Asran et Cagalli se dirige vers celui-ci pour le détruire, mais le GENESIS est équipé non seulement du Mirage Colloide, mais également d'un Phase Shift, ils décident de pénétrer dans la salle de contrôle se trouvant sur Jachin Due. Lorsque Asran arrive dans la salle de contrôle il retrouve son père agonisant, Patrick Zala vient de se faire tirer dessus par un soldat qui ne partage pas ses opinions, mais l'auto destruction de Jachin Due est lancée, et sa destruction entraînera le tir automatique du GENESIS. Ils prennent alors la décision de détruire le GENESIS lui-même et en informe l'Eternal et le Kusanagi. Les deux vaisseaux arrivent à porter de tir, mais malgré leur puissance de feu le GENESIS ne subit aucun dégâts. Le Providence Gundam intervient alors et détruit de nombreux armements des deux vaisseaux, il sera arrété avant qu'il ne puisse les détruire par Kira.

Asran à bord de son Justice, et Cagalli aux commandes du Strike Rouge, foncent vers GENESIS et arrivent à pénétrer dans le canon, là Asran décide de laisser Cagalli en arrière plan, il largue son pack dorsal afin de bloquer le Strike Rouge. Une fois arrivé au cœur du réacteur de GENESIS il lance l'auto-destruction de son Gundam, l'explosion réduirait alors le canon en morceau, il sera empêché au dernier moment par Cagalli qui est venue le sauver. Asran programme alors l'auto-destruction du Justice avec un retard afin de pouvoir s'échapper. Kira est toujours en train de se battre contre Le Creuset, et alors qu'il subit de lourd dégât et que son Gundam est presque fichu, il arrive à empaler le Providence, au même instant le GENESIS initie un tir qui endommagera en partie le Freedom, le tir sera arrêté de justesse par la destruction du Justice.

La bataille prend alors fin, le 27 Septembre C.E.71, Lacus appelle à un cessez-le-feu, les deux parties belligérante cesse alors tout combat. Kira flotte dans l'espace à côté de l'épave du Freedom, il pense sa fin arrivée, il aperçoit alors Birdy qui se dirige vers lui, et derrière le petit robot se dessine la silhouette d'un MS. Cagalli et Asran viennent le secourir avec ce qu'il reste du Strike Rouge.

Les partisans de Zala sont en déroute, dans le chaos les membres du Conseil Supprême plus modéré et en accord avec l'ancien Chancelier Siegel Clyne reprennent le pouvoir, Eileen Canarva (Eileen Canaver en VO) est à la tête du mouvement et prends le contrôle de l'armée, cessant ainsi toute hostilité de ZAFT. Marquant ainsi le premier cessez le feu de la guerre, les deux parties entamèrent des négociations pendant plusieurs mois.

Suite à cela, des soldats de l'Alliance décident de déserter et de fuir dans l'espace, dans le même esprit des habitants et combattants d'Orb avide de vengeance s'exile dans l'espace.

La défaite de l'Alliance ouvrit la porte à des conflits interne au sein de celle-ci, le bloc d'Amérique du Sud réclamant ainsi son indépendance entama une bataille pour l'obtenir, le mois de Novembre C.E.71 sera entaché de ce conflit.

Les discussions et négociations aboutissent, un nouveau traité de paix est enfin signé, le 10 Mars C.E.72 par les dirigeants des PLANT et de l'Alliance.

Durant cette année 72 du calendrier C.E. la paix est fragile. Il y eu toutefois des escarmouches entre certaines factions, l'ODR (Orb Disaster Relief team, constituée de membres de la nation d'Orb souhaitant une revanche) affrontera les membres de l'Antifactis et de quelques autres blocs de l'Alliance. Avec leur nouveau modèle le MVF-X08 Eclipse Gundam.

Cette paix fragile sera brisée doucement en C.E.73, une attaque sur la colonie Armory One, située au point LaGrange 4 (loin des PLANT) marquera le début du retour des conflits entre l'Alliance et les PLANT. Armory One est une colonie dédié uniquement à l'armement et au développement de nouveau MS et vaisseaux. Le nouveau président de PLANT, Gilbert Durandal, a convié la presse et des ressortissants d'autres nations à une présentation de leur nouveaux MS, ainsi que de leur nouveau vaisseau en Septembre. Le 2 Octobre C.E.73 la députée Cagalli Yula Athha, accompagnée de Alex Dino (alias Asran Zala) visitent Armory One, le but premier de cette visite étant pour Orb de comprendre dans quel but furent créée ces nouvelles armes de guerre. Pendant cette visite diplomatique, l'Alliance lancera une attaque, les forces spéciale Phantom Pain sont à la manoeuvre et ont pour mission de dérober les nouveaux modèles de MS, les Gundam ZGMF-X24S Chaos, ZGMF-X31S Abyss et ZGMF-X88S Gaia, mais également causer un maximum de dommage à la base de Armory One. Le nouveau vaisseau, le Minerva, sera alors déployé, ainsi que le dernier modèle de Gundam dont dispose ZAFT et qui se trouvait à bord du vaisseau, le ZGMF-X56S Impulse, MS composé de modules qui s'assemblent pour former un MS (ainsi que de différents pack). Asran Zala du prendre les commandes d'un ZGMF-1000 ZAKU Warrior avec Cagalli à bord, afin de la protéger, mais il tombera face à l'un des modèles volé qui lui infligera des dégats, Shin Asuka et l'Impulse les sauveront, il aidera à son tour Shin en chargeant l'un des Gundam afin de créer une diversion, mais Cagalli sera blessée durant cette manoeuvre, obligeant alors Asran à se replier, il gagnera le Minerva pour soigner Cagalli. Les 3 Gundam quittent alors la colonoie Armory One et regagne leur vaisseau.

Le Minerva sera alors chargé de poursuivre le vaisseau de l'Alliance Girty Lue (alors nommé Boggey One par ZAFT), le vaisseau de l'Alliance parviendra a tromper temporairement le Minerva, mais le vaisseau de ZAFT étant plus rapide, le Girty Lue sera vite rattrapé. Le vaisseau de l'Alliance tend alors une embuscade au Minerva qui parviendra à en réchapper suit au conseil tactique de Asran, le Girty Lue s'échappe et le Minerva abandonne sa poursuite.

Le vaisseau de ZAFT sera vite assigné à une autre mission cruciale le lendemain, le 3 Octobre. Des partisans de l'ancien président Patrick Zala vont sur les débris de Junius 7, c'est l'Opération Break the World, qui consiste en la chute du plus gros débris de Junius 7 sur Terre. L’intervention de l’équipe Joule et du Minerva ne sera pas suffisante et le morceau sera scindé en deux parties causant de lourds dégâts à leurs impacts sur Terre.  Ont été touchés l'Italie (Rome, le Vatican), le Grèce (Athènes), la Chine, la République Tchèque (Prague), la Malaysie (Kuala Lumpur), le Canada (Toronto), l'Angleterre (Stonehenge), le Tibet (le palais du Dalai Lama) et le Brésil. Zaft envoie immédiatement de l'aide humanitaires aux régions et aux victimes de la catastrophe. Suite à la chute des débris de Junius 7 sur Terre de nombreuses infrastructure furent touchées, la base du DSSD (Deep Space Survey and Development organization) parvint à envoyer son Mobile Suit prototype dans l'espace avant d'être impacté par un tsunami. Le MS en question est le GSX-401FW Stargazer Gundam, dévellopé dans le but de coloniser l'espace au delà de Mars. Une unité de Phantom Pain lancera une attauqe sur la station Troya, alors que le système "voiture lumière" du Stargazer est finalisé. Le Stargazer participera à la défense de la base, utilisant sa technologie de réflexion des rayons pour endommager ses ennemis, il y aura un combat contre le GAT-X105E+AQM/E-X09S Strike Noir Gundam, le Strike noir fortement endommagé sera abandonné par son pilote qui tentera de s'emparer du Stargazer. Sa pilote initiera alors une séquence pour s'éloigner de la sphére terrestre, prenant la direction de Venus. Selene McGriff, la pilote, enclenchera son système solaire pour rentrer vers la Terre lentement, ils arriveront sur Terre sain et sauf au bout de 27 jours et 21 heures.

Pendant ce temps, le Minerva est dépéché sur Terre afin de la libérer des partisans de Zala qui continuent à attaquer des bases terrienne, mais aussi pour venir en aide aux victimes de l'Opération Break The World. Asran Zala abandonne ainsi son identité de Alex Dino et devient un membre de FAITH (composée de l'élite de ZAFT s'étant à la fois distingué sur le champ de bataille et faisaint preuve de grande qualité morale, désigné par Durandal en personne), il se voit alors confié le ZGMF-X23S Saviour Gundam ainsi qu'une totale liberté sur le champ de bataille pour faire péréniser la paix. Asran fera également la connaissance de "Lacus", qui est en fait Meer Campbell usurpant l'identité de Lacus Clyne, Durandal l'utilisant comme icône de la paix. Officiellement le président Durandal désigne les responsables de l'Opération Break the World comme étant des partisans de Patrick Zala, mais incriminent aussi les LOGOS, une entité de l'ombre qui dirige l'Alliance, et composée de plusieurs anciens membres de Blue Cosmos, riches et puissants. La seconde guerre entre les PLANT et l'Alliance débute alors. En Novembre l'Alliance lance une attaque contre les PLANT qui marquera le début de la guerre.

Le Minerva continue ses missions sur Terre, le vaisseau participera à la libération de plusieurs villes des mains de l'Alliance, Shin Asuka se démarquera lors des différentes missions, devenant ainsi un as de l'armée de ZAFT. Shin fera ainsi la connaissance de Stella Loussier, la jeune femme est la pilote du Gundam Gaia, et ils se retrouveront lors d'un combat peu de temps après leur rencontre près de la plage, Shin rattrapa la jeune femme qui allait tomber de la falaise, en bord de mer. Stella sera capturée, mais étant une Extended (Biological CPU) de l'Alliance elle doit subi un traitement régulier afin de garantir sa santé, tant physique que mentale. La voyant souffrir, Shin décidera de quitter le vaisseau et de la rendre à l'Alliance, il la remet à Neo Roanoke (Lornoké en VF) lui demandant de veiller sur elle. De retour sur le Minerva, Shin sera mit aux arrêts pour quelques jours, le temps de décider de sa sanction.

Nous sommes au mois de Décembre C.E.73 et Orb signe un traité qui fait entrer la nation au sein de l'Alliance, Cagalli s'y oppose fermement mais la majorité l'emporte, elle doit faire face au Seiran qui sont pour qu'Orb participe à l'effort de guerre de l'Alliance, et ainsi devenie une puissance économique. Ce qui n'annonce rien de bon pour le Minerva, le vaisseau étant au mouillage dans le port d'Orb pour réparation, le fait que la nation neutre rejoigne l'Alliance devient problématique. Le premier ministre Unato Ema Seiran souhaite offrir le Minerva comme cadeau à l'Alliance, montrant ainsi toute la bonne volonté du pays. Prévenu par Warthfeld, le Minerva quitte les eaux terriotoriale d'Orb, mais l'Alliance l'attend, Shin affrontera alors le YMAF-X6BD Zamza-Zah, mobile armor massif des forces de l'Alliance. Shin remportera son combat après s'être éveillé au SEED.

Tandis que la véritable Lacus Clyne vit sur Orb, dans l'orphelinat du Révérand Malchio, elle fut sauvée d'un attentat visant à la tuer, Kira Yamato reprendra les commandes du Freedom pour la protéger. Regagnant l'Archangel, Kira Yamato, Murrue Ramius, Warthfeld et d'anciens membres de l'équipage partent sauver Cagalli de son mariage arrangé avec Yuna Roma Seiran, un autre député, ce mariage visant alors à renforcer le pouvoir des Seiran. Kira viendra enlever Cagalli, la sauvant de son mariage. Le vaisseau et son équipage restera caché sous l'océan suite à cela, il gagnera le Royaume de Scandinavie pour y rester caché.

Le Minerva continue son voyage vers la base ZAFT de la Mer Noire, en route il tombe sur une base de l'Alliance abritant un canon à positron Lohengrin. La base connue sous le nom "La porte Lohengrin" est protégée par un Mobile Armor équipé d'un déflecteur de rayon. Le Minerva envoi alors l'Impulse en combat rapproché pour détruire le Mobile Armor, ouvrant ainsi une fenêtre de tir pour le vaisseau. Une fois le canon Lohengrin détruit l'Alliance quitte la zone, et libère ainsi la population locale.

Ensuite le Minerva fait route vers Gibraltar, mais lors de son voyage il sera attaqué. Dans le détroit des Dardanelles une flotte de l'Alliance terrestre et d'Orb lance une attaque, alors qu'il allait tirer avec son canon à positron Tannhaüser, le Freedom intervient et détruit le Tannhaüser, qui visait alors le vaisseau amiral d'Orb. Cagalli fait alors un appel au calme, demandant au forces d'Orb de ne pas tirer, Yuna Roma Seiran déclare alors que c'est une imposture et ordonne d'ouvrir le feu contre le Strike Rouge de Cagalli et contre l'Archangel. Kira mi à mal Shin et son Impulse, mais aussi Heine Westhenfluss, un autre pilote de FAITH au commande d'un ZGMF-X2000 GOUF Ignited, mais également le Abyss et le Gaia, pourtant le fait d'être endommagé n'empêchera pas le Gaia de couper le GOUF en deux, causant par conséquence la mort de Heine, Asran en voudra à Kira, sans son intervention Heine aurait peut-être put s'en sortir. L'alliance lancera alors un repli, jugeant la situation tros chaotique.

Un répit qui sera de courte durée, car l'Alliance, toujours accompagnée des forces militaires d'Orb, attausera de nouveau le Minerva. C'est au large de la Crete que la bataille fera rage, tentant une nouvelle fois de mettre fin au combat, Cagalli et Kira feront un appel au calme. Asran engage alors un duel contre Kira, tandis que Shin détruit une bonne fois pour toute le Abyss, en pleine crise de colère il attaque sans répit la flotte d'Orb. Le colonel Todaka, chef des armées d'Orb sur place, ordonne alors d'abandonner le Takemikazuchi, le porte avion d'Orb, tout en encourageant celles et ceux qui croient encore en la neutralité d'Orb de rejoindre l'Archangel pour aider Cagalli à se battre pour la paix. Shin et son Impulse détruiront ainsi le Takemikazuchi, le colonel Todaka toujours sur la passerelle périra avec le porte avion, Shin vient de tuer le soldat qui l'avait aidé lors de la bataille d'Orb de la précédente guerre.

Le conflit continue son escalade, Lord Djibril, chef de l'organisation LOGOS, confie le tout dernier modèle de Mobile Suit massif GFAS-X1 Destroy Gundam à Neo Roanoke, qui laissera Stella Loussier le soin de le piloter. Berlin sera mise à feu et à sang, plusieurs autres territoires partisants de ZAFT sont rayés de la carte. Les forces de ZAFt se retrouvent considérablement amoindries. Le Destroy Gundam sera détruit par les forces conjointes du Minerva et de l’Archangel, ce sera Kira et le Freedom qui porteront le coup fatal. Stella Loussier sera tuée au combat, sous les yeux de Shin impuissant, il portera la dépouille de Stella dans un lac non loin de la, pour qu'elle repose en paix.